Después de la hibridación, los EUROArray se leen y evaluan con el EUROArrayScanner. El software EUROArrayScan reconoce automáticamente la posición de las micromatrices y cuantifica las señales de cada sonda de ADN. En solo unos segundos, el software calcula los resultados de la prueba a partir de la intensidad de la señal de todas las muestras y documenta los resultados. Los amplios controles integrados se tienen en cuenta automáticamente en el proceso. No se necesita análisis e interpretación manual de las señales. El software EUROArrayScan genera un protocolo de trabajo claramente establecido para cada sesión, lo que contribuye a que el procesamiento de las muestras sea sencillo y seguro.
Con la publicación del informe, el usuario tiene la posibilidad de obtener una visión general de los resultados de todas las muestras o un informe individual detallado con todos los resultados parciales junto con la imagen de la matriz asociada para verificar los resultados que se sugieren. Además, el usuario puede añadir comentarios individuales. Los resultados se guardan automáticamente junto con los datos de la imagen, por lo que se puede prescindir del archivado de las micromatrices incubadas. Se puede interconectar el software EUROArrayScan con el EUROLabOffice o con el SIL existente.